明治維新と文明開化に伴い、1871年（明治4年）東京府のいわゆる「裸体禁止令」により東京相撲の力士は罰金、鞭打ち刑に処された。また、「相撲禁止論」が浮上した事もある。これは、自らも相撲をとることの多かった明治天皇と、その意を受けた伊藤博文たちの尽力により、1884年（明治17年）に天覧相撲が実現し、大相撲が社会的に公認されることで危機を乗り越えることができた。この天覧相撲の力士は58連勝（史上3位）を記録した15代横綱初代・梅ヶ谷藤太郎。
東京相撲協会と大阪相撲協会ができ、組織としての形態が確立した。
1890年（明治23年）に入幕から39連勝で大関に駆け上がった初代・小錦八十吉と横綱免許を受けた大関初代・西ノ海嘉治郎のねじれ現象の解決のため、番付に初めて〈横綱〉の表記が登場する。これはなかば偶然の産物ではあったが、これをきっかけに横綱・大関が実質的な地位として確立していくようになる。
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この頃から映像が映され出し、小錦や大砲が映された貴重な映像（1900年撮影）が現存している。
20世紀の変わり目の頃には、横綱常陸山谷右エ門（明治29年に名古屋相撲から大阪相撲へ、後広島相撲から東京相撲へ）と二代目・梅ヶ谷藤太郎の「梅常陸時代」による東京相撲の隆盛が生じ、東京が相撲の中心という意識が広がっていく。
1907年（明治40年）常陸山が渡米。本格的な海外への相撲の紹介の最初であった。
1909年（明治42年）6月2日、初の常設相撲場となる両国国技館の落成。相撲が国技とされた。土俵入りは、東の横綱、常陸山と西の横綱、梅ヶ谷により行われた。