1590年（天正18年）に豊臣秀吉に派遣された通信使（12月3日（11月7日）に秀吉に謁見）は名目としては秀吉の日本統一を祝賀することが目的であったが、朝鮮侵攻の噂の真偽を確かめるために派遣された通信使である。このときも対馬宗氏が仲介を行っている。この際の正使黄允吉と副使金誠一が対立関係にあったために正使は侵攻の意思ありと報告し副使は侵攻の意思なしとの報告が行なわれ、王に近い副使側の意見が採られた。文禄の役の際に一気に平壌まで侵攻されたのはこの副使の報告に従い、なんら用意をしていなかったためともされる。
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1596年（慶長元年）の通信使は日本と明の休戦交渉の締めくくりとして行われた明使（冊封使）の日本への派遣に同行したものであったが、正使・黄慎と副使・朴弘長は共に秀吉より接見を許されなかった。明使の交渉も失敗し慶長の役の再出兵が行われた。
江戸期の日朝交流は豊臣秀吉による文禄・慶長の役の後、断絶していた李氏朝鮮との国交を回復すべく、日本側から朝鮮側に通信使の派遣を打診したことにはじまる。
室町時代末期、日朝・日明貿易の実権が大名に移り、力を蓄えさせたと共に、室町幕府の支配の正当性が薄れる結果になった。そうなることを防ぐため、江戸幕府は地理的に有利な西日本の大名に先んじて、朝鮮と国交を結ぶ必要があった。
主として対馬藩が江戸幕府と李氏朝鮮の仲介を行った。これは対馬藩が山がちで耕作に向いておらず、朝鮮との貿易なくては窮乏が必至となるためである。国交回復を確実なものとするために対馬藩は国書の偽造まで行い、朝鮮側使者も偽造を黙認した。後に、対馬藩家老であった柳川調興は国書偽造の事実を幕府に明かしたが、対馬藩主・宗義成は忠告のみでお咎めなし、密告した柳川は津軽へ流罪とされた。
一方、朝鮮では文禄・慶長の役が終わり、朝鮮を手助けした明が朝鮮半島から撤退すると日本を恐れ、友好関係を何とか結びたいという考えを持っていたようである[2]。